新的旅程 - Ionizing Radiation

回归
博客相关

这是回归博客写作后的第一篇文章

回归

时光荏冉，已经好久没有更新博客了，上一次写博客还是去年寒假疫情在家时期。

这一年多以来总算把与实验组合作的几个工作结束了（第一次实践使用 VASP ），这几个工作感觉能总结的地方不多，都是细节居多，但坑还是不少的。我自己的工作做了快两年了（看来平时没少摸鱼），在去年底它的进度有了 180 度转变，这还多亏了导师的嘱托，让我在补充图表时 Review 了一下之后的结果，一看就发现之前的结论完全错误，于是重新跑了一下 NAMD ，这次的结果终于符合「预期」了，但现在似乎又遇到了一些不大不小的问题，即能带交叉的处理，目测解决它又要费些时间了（而且还中间还有其它实验组的东西要做）。

说了这段时间自己在做什么，下面就该讲博客相关的东西了。

博客相关

关于博客，我这次决心将它迁移到 Hugo 框架下，配合 Org-mode 和 ox-hugo 使用，至少到现在体验挺好：

Hugo 很快，生成静态页面耗时在 ms 量级，比 Hexo 不知道高到哪里去了；
Org-mode 很强大，谁用谁知道；
私以为 Jane 主题足够简约，也留了足够的空间折腾。

近期做了些工作，我会把心得总结起来放到博客上，供自己和小伙伴们参考～

配置、模板

以下是写博客时可能要用到的一些模板/配置，仅供自己参考了。

Org-mode 中 CJK 文档的 soft space 问题，已经有人给出了解决方案¹ ：

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(defun clear-single-linebreak-in-cjk-string (string)
"clear single line-break between cjk characters that is usually soft line-breaks"
(let* ((regexp "\\([\u4E00-\u9FA5]\\)\n\\([\u4E00-\u9FA5]\\)")
        (start (string-match regexp string)))
    (while start
    (setq string (replace-match "\\1\\2" nil nil string)
            start (string-match regexp string start))))
string)

(defun ox-html-clear-single-linebreak-for-cjk (string backend info)
(when (org-export-derived-backend-p backend 'html)
    (clear-single-linebreak-in-cjk-string string)))

(eval-after-load "ox"
  '(add-to-list 'org-export-filter-final-output-functions
                'ox-html-clear-single-linebreak-for-cjk))

添加链接时使用 C-c C-l ， Doom-Emacs 会提示你输入链接的 URL 和 description；
使用 Inline code 时，参考它²： src_sh[:exports code]{echo -e "test"} ；
:PROPERTIES: 中 :@cat: 定义了一个 category cat ， :foo: 定义了一个 tag foo ， :@cat:foo:bar: 则分别定义了一个 category cat ，两个 tags foo 、 bar ；
每篇文章标题前使用 S-left 或 S-right 可以切换 TODO 和 DONE 的状态；输入数学公式时，需要在 subtree 的 :PROPERTIES: 里加上 :EXPORT_HUGO_CUSTOM_FRONT_MATTER+: :katex true :markup goldmark 。

此时 \(F=ma\) 表示 inline equation ，输出 \(F=ma\) ； \[F=ma\] 表示 displaystyle equation 。（冷知识³： Orgmode 支持即时渲染公式： C-c C-x C-l 会把当前公式渲染好并以 png 的形式插入当前窗口，重复这个操作可以关闭预览）

现在试试一个稍稍复杂点的公式：

\[ \begin{aligned} \nabla \times \vec{\mathbf{B}} - \frac1c \frac{\partial\vec{\mathbf{E}}}{\partial t} & = \frac{4\pi}{c}\vec{\mathbf{j}} \newline \nabla \cdot \vec{\mathbf{E}} & = 4 \pi \rho \newline \nabla \times \vec{\mathbf{E}} + \frac1c \frac{\partial\vec{\mathbf{B}}}{\partial t} & = \vec{\mathbf{0}} \newline \nabla \cdot \vec{\mathbf{B}} & = 0 \end{aligned} \]

使用脚注来代替文献的上标⁴ ，有三种方式：
1. 声明和定义分离的脚注：在要添加脚注的地方声明 [fn:NAME] ，然后在其它地方定义这个脚注 [fn:NAME] some description here ... ；
2. 行内定义的脚注：直接使用 [fn:: some description here ... ] ，这种方法不需要命名，可谓对程序员十分友好了 23333 ；
3. 带名字的行内脚注： [fn:NAME: some description here ...] 。

图片等外部文件的引用

这一节单独列出来是因为它比数学公式还要难处理，根据 ox-hugo⁵ 的说明，现在有三种引用图片的方法：

使用相对路径：直接把图片放到 <HUGO_BASE_DIR>/static/ 里，然后引用时可以省略 <HUGO_BASE_DIR>/static/ 前缀，例如有一个文件路径是 <HUGO_BASE_DIR>/static/image/foo.png ，引用它时可以这样写： [[image/foo.png]] ；
使用绝对路径：例如有一个路径是 ~/some/path/foo.png ，引用它时可以使用 [[~/some/path/foo.png]] ，此时不光在 orgmode 里可以直接预览图片， ox-hugo 在导出时还会把它复制到 <HUGO_BASE_DIR>/static/ox-hugo/ 里并生成链接；
使用图床：现在 GitHub ， GitLab 等也可以用作图床，并且有成熟的软件来做这件事比如 PicGo⁶ 。把图片传给图床后，图床会返回一个链接，直接把它贴在 orgmode 里就能实现引用图片的效果。但之前我用七牛云的图床一段时间后七牛云直接拒绝被薅，改了域名，我也就对图床产生一些顾虑 ~~，而且使用图床后一个缺点是，它降低了每篇文章的内聚度，增加了对外部的耦合（掉个书袋233）~~ 。

因此我还是决定把图片等外部文件放在 <HUGO_BASE_DIR>/content-org/ 里，每篇文章单独建一个文件夹，然后使用相对路径引用。下面是效果展示（它使用了 [[./a-new-journey/himehina.jpeg]] ）：

使用 TikZ 配合 Orgmode 进行画图 [2021-04-29 Thu] 更新

Orgmode 原生支持内嵌 \(\LaTeX\) 代码，自然也支持用 TikZ 画图。不过如果想要在利用 TikZ 的输出嵌入到博客中，还需要一点工作要做。

输出 PNG 格式的图片

确保机器上已经安装了 ImageMagick 和 \(\LaTeX\) ；
在 config 中加入 (setq org-latex-create-formula-image-program 'imagemagick) ；

接下来就可以愉快玩耍了：

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#+header: :headers '("\\usepackage{tikz}")
#+header: :results file graphics :file ./a-new-journey/test.png
#+header: :exports results
#+header: :fit yes :imoutoptions -geometry 400 :iminoptions -density 600
#+begin_src latex
\begin{tikzpicture}
\draw[->] (-3,0) -- (-2,0) arc[radius=0.5cm,start angle=-180,end angle=0]
    (-1,0) -- (1,0) arc[radius=0.5cm,start angle=180,end angle=0] (2,0) -- (3,0);
\filldraw (-1.5,0) circle[radius=1mm];
\filldraw (1.5,0) circle[radius=1mm];
\end{tikzpicture}
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:./a-new-journey/test.png]]

Eval 这个 source block 后即可得到：

输出 SVG 格式的图片

确保机器上已经安装了 \(\LaTeX\)

接下来的工作不那么优雅，我们需要修改一下 ob-latex.el 。

因为在 Orgmode 中 Eval 代码块时 Orgmode 会自动把代码块的内容加入预告写好的 Preamble 里生成一个临时文件，但当使用 .svg 结尾的输出文件名时它的 Preamble 是这样的：

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\documentclass[preview]{standalone}
\def\pgfsysdriver{pgfsys-tex4ht.def}
%% Your \usepackage here
\begin{document}
%% Your code here
\end{document}

第二行的 \def\pgfsysdriver 需要放在 \usepackage{tikz} 后，或者使用 htlatex 才能编译，但 ob-latex 使用的是 latex ，而且这个过程只会提示 PDF produced with errors ，导致输出的 SVG 是乱码。

查询 ob-latex.el 发现，这个 Preamble 是硬编码在 org-babel-execute:latex 里的：

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 (defcustom org-babel-latex-preamble
   (lambda (_)
     "\\documentclass[preview]{standalone}
\\def\\pgfsysdriver{pgfsys-tex4ht.def}
 ")
   "Closure which evaluates at runtime to the LaTeX preamble."

...

          (with-temp-file tex-file
            (insert (concat
                     "\\documentclass[preview]{standalone}
\\def\\pgfsysdriver{pgfsys-tex4ht.def}
 "
                     (mapconcat (lambda (pkg)
                                  (concat "\\usepackage" pkg))

那问题就好办了，直接删掉两处 \\def\\pgfsysdriver{pgfsys-tex4ht.def} ，并重新 build （我使用的是 DoomEmacs ，运行 ~/.emacs.d/bin/doom build ），然后就可以正常导出了。

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#+header: :headers '("\\usepackage{tikz}")
#+header: :results file graphics :file ./a-new-journey/test.svg
#+header: :exports results
#+header: :fit yes :imoutoptions -geometry 400 :iminoptions -density 600
#+begin_src latex
\begin{tikzpicture}
\draw[->] (-3,0) -- (-2,0) arc[radius=0.5cm,start angle=-180,end angle=0]
    (-1,0) -- (1,0) arc[radius=0.5cm,start angle=180,end angle=0] (2,0) -- (3,0);
\filldraw (-1.5,0) circle[radius=1mm];
\filldraw (1.5,0) circle[radius=1mm];
\end{tikzpicture}
#+end_src

#+RESULTS:
[[file:./a-new-journey/test.svg]]

输出以下图形：

其实看 ob-latex.el 似乎可以通过用户定义 org-babel-latex-preamble 来绕过硬编码的 Preamble ，但经过测试发现并没有起作用，如果读者有更好方案，请务必联系我。

上面测试用的 TikZ 代码圴来自 Jonny Evans⁷，同时感谢群组内⁸大佬们的帮助。

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